Phân loại dưới đây liệt kê theo FishBase, với phân chia thành 16 họ. Các họ bổ sung được đưa ra trong các hệ thống phân loại khác (như ITIS và Systema Naturae 2000) được ghi phía dưới các họ mà trong hệ thống của FishBase thì chúng được gộp trong họ đó.

Phân bộ và họ

• Phân bộ Anguilloidei
  • Anguillidae (cá chình nước ngọt): 2 chi, 23 loài.
  • Nemichthyidae (cá chình mỏ dẽ): 3 chi, 9 loài. (trước đây coi là thuộc phân bộ Nemichthyoidei)
  • Serrivomeridae (cá chình răng cưa): 2 chi, 11 loài. (trước đây coi là thuộc phân bộ Nemichthyoidei)
• Phân bộ Chlopsoidei
  • Chlopsidae (cá chình moray giả): 8 chi, 22 loài.
• Phân bộ Moringuoidei
  • Moringuidae (cá chình giun): 2 chi, 15 loài.
• Phân bộ Muraenoidei
  • Heterenchelyidae (cá chình bùn): 2 chi, 8 loài.
  • Myrocongridae (cá chình đỏ Đại Tây Dương): 1 chi, 5 loài.
  • Muraenidae (cá chình moray): 16 chi, 201 loài.
• Phân bộ Synaphobranchoidei
  • Synaphobranchidae (cá chình họng xẻ): 12 chi, 38 loài.
    • Gộp các họ Dysommidae, Nettodaridae, Simenchelyidae
• Phân bộ Protanguilloidei
  • Protanguillidae: 1 chi, 1 loài.
• Phân bộ Congroidei
  • Congridae (cá lạc): 30 chi, 195 loài. Có lẽ đa ngành.
    • Gộp cả họ Macrocephenchelyidae: 1 chi, 2 loài.
  • Derichthyidae (cá chình cổ dài): 2 chi, 3 loài.
    • Gộp cả họ Nessorhamphidae.
    • Gộp cả họ Colocongridae (chình đuôi ngắn): 1-2 chi, 7-9 loài.
  • Muraenesocidae: 6 chi, 15 loài.
  • Nettastomatidae (cá chình mỏ vịt): 6 chi, 42 loài.
  • Ophichthidae (cá lịch cu, cá chình rắn): 59 chi, 313 loài.

Trong một số phân loại gần đây thì các họ Cyematidae, Eurypharyngidae, Monognathidae, Saccopharyngidae[2] và họ đề xuất năm 2018 là Neocyematidae[3] cũng được gộp trong bộ Anguilliformes như là phân bộ Saccopharyngoidei, nhưng trong một vài hệ thống phân loại trước đây thì chúng được đặt trong bộ Saccopharyngiformes.

Loài gọi là "cá chình điện" hay "lươn điện" (Electrophorus electricus) ở Nam Mỹ không phải là cá chình thật sự.

Phát sinh chủng loài

Phát sinh chủng loài vẽ theo Johnson et al. (2012).[4]